В своем составе Клиника ФНКЦ ФХМ ФМБА имеет:
- многопрофильный стационар на 380 коек, включающий отделения и центры:
- приемное
- терапевтическое
- гастроэнтерологическое
- кардиологическое
- неврологическое
- хирургическое
- анестезиологическое
- реанимации и интенсивной терапии
- операционное
- гинекологическое
- урологическое
- травматологическое
- нейрохирургическое
- функциональной диагностики
- физиотерапевтическое
- гипербарической оксигенации
- отделение эндоскопии
- клинико-диагностическая лаборатория
- Центр гнойной хирургии и регенераторных технологий
- Отделение гнойной хирургии
- Центр диабетической стопы
- Токсикологический центр ФМБА России
- Центр лучевой диагностики
- поликлинику на 300 посещений в смену, включающую отделения:
- терапевтическое
- эндокринологический кабинет
- кабинет аллерголога-иммунолога
- педиатрическое
- хирургическое
- офтальмологический кабинет
- оториноларингологический кабинет
- урологический кабинет
- травматологический кабинет
- онкологический кабинет
- неврологическое
- стоматологическое
- женскую консультацию
- дерматовенерологический кабинет
- дневной стационар
- 5 фельдшерских здравпунктов, один филиал